Le comportement par défaut de R pour la gestion de.Les fichiers et espaces de travail RData encouragent et facilitent un modèle de décomposition des contextes de travail en répertoires de travail distincts. Cet article décrit les différentes fonctionnalités de l’EDI RStudio qui prennent en charge ce flux de travail.

REMARQUE IMPORTANTE : L’E RStudio prend en charge les projets, ce qui rend la gestion de plusieurs répertoires de travail plus simple. Les fonctionnalités décrites ci-dessous fonctionnent toujours; cependant, les projets sont maintenant le mécanisme recommandé pour traiter de multiples contextes de travail.

Répertoire de travail par défaut

Comme avec l’interface graphique R standard, l’EDI RStudio utilise la notion de répertoire de travail global par défaut. Normalement, il s’agit du répertoire personnel de l’utilisateur (généralement référencé en utilisant ~ dans R). Lorsque RStudio démarre, il effectue les opérations suivantes:

• Exécute le .Rprofile (le cas échéant) à partir du répertoire de travail par défaut.
• Charge le.Fichier RData (le cas échéant) du répertoire de travail par défaut dans l’espace de travail.
• Effectue les autres actions décrites dans le démarrage de R.

Lorsque RStudio se ferme et qu’il y a des modifications apportées à l’espace de travail, une invite demande si ces modifications doivent être enregistrées dans le.Fichier RData dans le répertoire de travail actuel.

Ce comportement par défaut peut être personnalisé de la manière suivante à l’aide de la boîte de dialogue Options RStudio:

• Modifier le répertoire de travail par défaut
• Activer / désactiver le chargement de.RData du répertoire de travail par défaut au démarrage
• Spécifiez si.RData est toujours enregistré, jamais enregistré ou invité à enregistrer à la sortie.

Modification du répertoire de travail

Le répertoire de travail actuel est affiché par l’EDI RStudio dans la région titre du volet Console. Vous pouvez également vérifier votre répertoire de travail actuel en exécutant la commande getwd() dans la console.

Il existe plusieurs façons de modifier le répertoire de travail actuel:

• Utilisez la fonction setwd R
• Utilisez les Outils / Modifiez le répertoire de travail… menu (Session/Définir le répertoire de travail sur un mac). Cela modifiera également l’emplacement du répertoire du volet Fichiers.
• Dans le volet Fichiers, utilisez le menu Plus/Définir comme répertoire de travail. (La navigation dans le volet Fichiers seul ne modifiera pas le répertoire de travail.)

Veillez à considérer les effets secondaires de la modification de votre répertoire de travail:

• Les références de fichiers relatives dans votre code (pour les jeux de données, les fichiers source, etc.) deviendront invalides lorsque vous modifierez les répertoires de travail.
• L’emplacement où.RData est enregistré à la sortie sera changé dans le nouveau répertoire.

Parce que ces effets secondaires peuvent causer de la confusion et des erreurs, il est généralement préférable de commencer dans le répertoire de travail associé à votre projet et d’y rester pendant toute la durée de votre session. La section ci-dessous décrit comment définir le répertoire de travail initial de RStudio.

Commençant dans d’autres répertoires de travail

Si tous les fichiers liés à un projet sont contenus dans un seul répertoire, vous voudrez probablement démarrer RStudio dans ce répertoire. Il existe un certain nombre de façons (qui varient selon la plate-forme) de le faire.

Associations de fichiers

Sur toutes les plateformes RStudio s’enregistre en tant que gestionnaire pour.RData, .R, et d’autres types de fichiers liés à R. Cela signifie que le menu contextuel du navigateur de fichiers système affichera RStudio comme une ouverture avec choix pour ces fichiers.

Vous pouvez également créer une association par défaut entre RStudio et le.RData et/ou.R types de fichiers.

Lorsqu’il est lancé via une association de fichiers, RStudio définit automatiquement le répertoire de travail sur le répertoire du fichier ouvert. Notez que RStudio peut également ouvrir des fichiers via des associations lorsqu’il est déjà en cours d’exécution — dans ce cas RStudio ouvre simplement le fichier et ne modifie pas le répertoire de travail.

Raccourcis (Windows)

Sous Windows, vous pouvez créer un raccourci vers RStudio et personnaliser le champ « Démarrer ». Lorsqu’il est lancé via ce raccourci, RStudio démarre dans le répertoire de travail spécifié.

Glisser-déposer (Mac)

Sur Mac, le glisser-déposer d’un dossier depuis le Finder sur l’icône du dock RStudio entraînera le démarrage de RStudio avec le dossier supprimé comme répertoire de travail actuel.

Exécuter à partir d’un terminal (Mac et Linux)

Sur les systèmes Mac et Linux, vous pouvez exécuter RStudio à partir d’un terminal et spécifier dans quel répertoire de travail démarrer. De plus, sur les systèmes Linux, si vous exécutez RStudio à partir d’un terminal et que vous ne spécifiez aucun argument de ligne de commande, RStudio démarrera en utilisant le répertoire de travail actuel du terminal.

Par exemple, sur le Mac, vous pouvez utiliser les commandes suivantes pour ouvrir RStudio (respectivement) dans le répertoire ‘~/projects/foo’ ou le répertoire de travail actuel:

$ open -a RStudio ~/projects/foo$ open -a RStudio .

Sous Linux, vous utiliseriez les commandes suivantes (notez que non ‘. » est nécessaire dans la deuxième invocation):

$ rstudio ~/projects/foo$ rstudio

Manipulation de.Rprofile

Lors du démarrage de RStudio dans un autre répertoire de travail, le fichier .Rprofile situé dans ce répertoire est source. Si (et seulement si) il n’y a pas de fichier .Rprofile dans le répertoire alternatif, le profil global par défaut (par exemple ~/.Rprofile) est créé à la place.

Chargement et enregistrement des Espaces de travail

Si vous souhaitez enregistrer ou charger un espace de travail pendant une session RStudio, vous pouvez utiliser les commandes suivantes pour enregistrer ou charger depuis le.Fichier RData dans le répertoire de travail actuel:

> save.image()> load(".RData")

Notez que la fonction load ajoute (et écrase) des objets dans l’espace de travail actuel plutôt que de le remplacer entièrement. Avant le chargement, vous souhaiterez peut-être effacer tous les objets actuellement dans l’espace de travail. Vous pouvez le faire en utilisant la commande suivante:

> rm(list=ls())

Notez que puisque le chargement est géré au démarrage et que l’enregistrement est géré à la sortie, dans de nombreux cas, vous n’aurez pas besoin de ces commandes. Cependant, si vous modifiez des répertoires de travail au sein d’une session, vous en aurez peut-être besoin pour synchroniser votre espace de travail avec le répertoire auquel vous avez accédé.

Le menu de l’espace de travail RStudio comprend également des éléments qui exécutent les commandes décrites ci-dessus, ainsi que vous permet de charger ou d’enregistrer des éléments spécifiques.Fichiers RData.

Manipulation de.Rhistoire

La.Le fichier Rhistory détermine les commandes disponibles en appuyant sur la touche fléchée vers le haut dans la console. Par défaut, RStudio gère le.Fichier Rhistory différent de la console R standard ou de l’interface graphique, cependant RStudio peut être configuré pour fonctionner de la même manière que ces environnements si vous le souhaitez.

La manipulation conventionnelle de.Les fichiers Rhistory sont les suivants:

• Charger et enregistrer.Rhistory dans le répertoire de travail actuel
• N’enregistre que le.Fichier Rhistory lorsque l’utilisateur choisit d’enregistrer le .Fichier RData

Alors que la gestion RStudio par défaut de.Les fichiers Rhistory sont:

• Chargez et enregistrez un seul global.Fichier Rhistory (situé dans le répertoire de travail par défaut)
• Enregistrez toujours le .Fichier Rhistory (même si le .Le fichier RData n’est pas enregistré)

Les valeurs par défaut de RStudio sont destinées à s’assurer que toutes les commandes entrées dans les sessions précédentes sont disponibles lorsque vous démarrez une nouvelle session RStudio. Si vous préférez le traitement R conventionnel de.Fichiers Rhistory vous pouvez personnaliser ce comportement à l’aide du panneau Général de la boîte de dialogue Options.